כל כלי שיט חייב להיות רשום במדינה מסוימת.

אוניה היא ישות משפטית הניתנת לתביעה (בנפרד מבעליה).

בישראל על פי חוק כלי השייט, אם בעלים בעלי אזרחות ישראלית מחזיקים בחמישים אחוז או יותר מהבעלות על הספינה , כלי השייט כשיר לרישום בארץ, וחובתו של הבעלים הישראלי לרשום את כלי השייט בישראל.

החוק הישראלי מאפשר רישום כלי שייט שפחות מחמישים אחוז מהבעלות עליו שייך לאזרח ישראלי. במקרה זה על  הבעלים לפנות לשר התחבורה ולבקש רישום מיוחד.
כמו כן מאפשר החוק בישראל לא לרשום כלי שיט לגביו יותר מחמישים אחוז שייך לאזרח ישראלי  וזאת שוב בפנייה מיוחדת של הבעלים לשר התחבורה עם פירוט הטעמים.

רישום אוניות במשפט הבינ"ל

התייחסות לרישום קיימת באמנת ג'נבה בדבר הים הפתוח – 1958: האמנה דנה בעניינים הקורים בים הפתוח, כלומר כל מה שמחוץ למים הטריטוריאליים.
סעיף 6 לאמנה אומר כי אוניות יפליגו תחת דגלה של מדינה אחת בלבד, ופרט למקרים יוצאים מן הכלל אשר נקבעו במפורש, יהיו אוניות בים הפתוח נתונות לשיפוטה הייחודי של מדינת הדגל.
אסור לאונייה להחליף את דגלה בשעת הפלגה או בשעה שהיא עוגנת – אלא אם אכן הוחלפה אזרחותה.