כאשר יש חילוקי דעות בין פקיד המכס לבין היבואן או מי מטעמו לגבי גובה תשלום המכס ובעל המטען רוצה לשחרר את המטען, הוא יכול לשלם את מס המכס הנדרש "אגב מחאה" ולתבוע לאחר מכן החזר מס.

כל זאת על פי סעיף 154 לפקודת המכס:

"התגלע סכסוך בנוגע לסכום המכס או לשיעור המכס המשתלם על טובין מסויימים, או בנוגע לחבות הטובין במכס לפי דיני המכס, רשאי בעל הטובין לשלם אגב מחאה את הסכום הנדרש על ידי גובה המכס, וסכום ששולם בדרך זו ייחשב לגבי בעל הטובין כשיעור המכס הנכון המשתלם על הטובין, כל עוד לא ניתנה החלטה אחרת בתובענה שהוגשה לפי סעיף זה.

(ב) בעל הטובין רשאי, תוך שלושה חדשים מיום התשלום, להגיש תובענה נגד הממשלה להחזרת הסכום ששילם כאמור, כולו או מקצתו.

(ג) אין להגיש תובענה להחזרת כל סכום לפי סעיף זה, אלא אם לפני התשלום נכתבו ברשימון הטובין המלים "שולם אגב מחאה" ונחתמו בידי בעל הטובין או בידי סוכנו. "

יש להדגיש כי ביהמ"ש מקפיד על שני הפרמטרים:

1. רישום על גבי הרשימון שהתשלום בוצע אגב מחאה.

2. הגשה של התובענה להחזר מס ששולם תחת מחאה תוך שלושה חודשים מיום התשלום .